Главной рекой области является Десна, берущая свое начало из болота около деревни Налеты, что в 9 километрах северо-восточнее города Ельни Смоленской области. и впадает в р. Днепр около г. Киева. В пределах области Десна течет с северо-востока на юго-запад через всю восточную часть, принимая ряд притоков (реки Судость, Снов, Болва, Снежить, Навля, Нерусса). Протяженность Десны 1187 км, площадь бассейна 89173 км2. Ширина поймы р. Десны в пределах области - от 4 до 6 км, а русла - от 50 до 180 м, наибольшая глубина - 12 м. Вода в реке выше г. Брянска и ниже р. п. Выгоничей - чистая, прозрачная - используется для водоснабжения.