Главной рекой области является Десна, берущая свое начало из болота около деревни Налеты, что в 9 километрах северо-восточнее города Ельни Смоленской области. и впадает в р. Днепр около г. Киева. В пределах области Десна течет с северо-востока на юго-запад через всю восточную часть, принимая ряд притоков (реки Судость, Снов, Болва, Снежить, Навля, Нерусса). Протяженность Десны 1187 км, площадь бассейна 89173 км2. Ширина поймы р. Десны в пределах области - от 4 до 6 км, а русла - от 50 до 180 м, наибольшая глубина - 12 м. Вода в реке выше г. Брянска и ниже р. п. Выгоничей - чистая, прозрачная - используется для водоснабжения.
Река Ипуть - вторая по величине река области (бассейн р. Сож). Она протекает по западной части области в юго-западном направлении. Пойма занята заливными лугами, ширина ее достигает 2 км, а русла - в межень - от 6 до 80 м. Глубина реки - от 1 до 3 м. Вода чистая, прозрачная, используется для водоснабжения. Длина Ипути 475 км, площадь бассейна - 10694 км2. Главными притоками являются: слева - Надва, Воронуса, Унеча, справа значительных притоков нет. В верхней части Ипуть протекает по заболоченной пойме, а в средней - по ровной местности с песчаными берегами.