На территории области формируют полностью или частично сток более пяти тысяч водотоков. Доля дождевого стока рек составляет 50-70 % общего годового стока. На снеговое питание приходится 10-20%, на подземное 10-30% стока. Речной сток области в средний по водности год составляет 226,4 км3 в год, из них 221 км3 в год приходится на р.Амур и 15,4 км3 в год на реки Бира, Биджан, и Тунгуска.
На территории ЕАО распространены азотные щелочные термоминеральные воды кремнистого состава. Широко известно и ипользуется в бальнеологических целях (для наружного применения в виде ванн и душей) Кульдурское месторождение термальных вод, на базе которого существует курорт федерального значения "Кульдур". Температура на выходе составляет 72?С. Воды слабоминерализованные (0,3 г/л), кремнистые (НгЗЮз - 0,112 г/л), щелочные (рН - 9,3), хлоридно-гидрокорбанатные натриевые с высоким содержанием фтора (0,01 - 0,02 г/л).