Разделяя весь край почти пополам, с востока на запад протекает река Кубань, берущая свое начало за пределами Краснодарского края - на северо-западном склоне Эльбруса. На своем пути до Азовского моря (907 км) река пересекает альпийские луга, горные леса, степные просторы равнин и плавнево-болотистые низины и включает в свой бассейн 13569 рек общей длиной 38325 км.
Качество поверхностных вод суши на территории края остается неудовлетворительным. По-прежнему высока степень их загрязнения. Качество воды рр. Кубани, Лабы, Пшехи, Абина, Псекупса, Адагума, Кирпилей, Челбаса, Туапсе, Сочи, Мзымты и др. оценивается (по семибальной шкале), в основном, III "умеренно загрязненная" и IV "загрязненная" классами чистоты. На отдельных участках вода рр. Кубани, Лабы, Пшиш относится к категории "грязная" (V класс).