Бассейны рек Мухоршибирского района имеют преимущественное дождевое питание, снеговое питание незначительное (и составляет10-15%). Бассейны рек Хилок и Уды, куда входит Тугнуйская котловина выделены в отдельный район. Режим рек характеризуется сравнительно высоким половодьем и значительными летнее - осенними паводками.