Район расположен в юго-восточной части края в долинах рек Обь и Ануй.
Ануй — река в Республике Алтай и Алтайском крае, левый приток Оби.
Истоки — Чёрный и Белый Ануй. Длина — 327 км (от истока Белого Ануя). В верховьях течёт между Ануйским и Бащелакским хребтом.