Территория области покрыта густой сетью водотоков - в среднем 1 км водотоков на 1 км2 площади. Большинство рек относятся к категории малых, 6 рек имеют длину более 100 км. Под водоемами различного типа занято 230 тыс. га. Реки принадлежат бассейну Балтийского моря. Крупнейшие: р. Неман (притоком Шяшупе) и Преголя (с притоком Лава) объединены системой каналов. Многие реки спрямлены и зарегулированы, судоходны. Озер более 100 (крупнейшее - Виштынецкое). Заболочено 7% территории.
Общая протяженность водотоков 5043 км, кроме того, насчитывается 948 мелиоративных систем и каналов общей протяженностью 3384 км. На государственном экологическом учете находятся 145 озер и прудов площадью 56,8 км2 и 239 болот площадью 8213,5 км2.