В Хабаровском крае более 120 тысяч больших и малых рек с общим стоком 4,5 млрд. куб. м. в год, общая протяженность рек составляет 541 тыс. км. Большинство из них принадлежит системе Амура - одной из самых длинных рек в России. Его общая длина - 4440 км., в том числе более 1000 км. на территории края.
Крупнейшие притоки Амура в пределах Хабаровского края - Амгунь, Анюй, Тунгуска, Бурея, Уссури. Обширная территория на севере края относится к бассейну реки Лена (река Мая и другие).
В крае насчитывается также 55 тысяч больших и малых озер. Крупнейшие из них находятся в бассейне реки Амур: Чукчагирское, Болонь, Удыль, Орель.