Высокая рыбопродуктивность Новосибирского водохранилища обеспечивает ежегодный вылов от 900 до 1200 т. Водохранилище является наиболее эксплуатируемым водоемом, на котором ведется промысел близнецовыми неводами, а также траловый сетной промысел. Увеличение роли сетного промысла негативно сказывается на состоянии рыбных запасов водохранилища, так как при этом изымаются крупные экземпляры леща и судака, чем снижается способность к воспроизводству указанных видов. Особенно опасно снижение численности судака, так как это может привести к перестройке ихтиоценоза водохранилища, увеличению численности стад мелкочастиковых и сорных рыб, ухудшение ихтиопатологического состояния водоема.