Республика богата горными реками. Ее территорию пересекают реки: Кубань, Уруп, Большой и Малый Зеленчуки и десятки малых рек, имеющих важное народно-хозяйственное значение как источники водоснабжения, обводнения и орошения.
По территории республики протекает 172 малые и большие реки, и находится Большой Ставропольский канал, являющийся источником водоснабжения Ставропольского и Краснодарского краев. При транспортировке по каналу потери воды достигают 30%, также как и в разводящих сетях водопровода в населенных пунктах из-за их физического износа.