На территории республики протекают свыше 700 тыс. рек длиной более 10 км. 314 из них имеют длину более 100 км, а реки Колыма, Индигирка и главные притоки р. Лены - Олекма, Алдан, Вилюй по своим основным характеристикам превосходят почти все реки Европейской части России.
Основная водная артерия республики - река Лена входит по длине и по водности в десятку крупнейших рек мира.
На территории Якутии свыше 800 тыс. озер с площадью более 1 га каждое. Общая площадь зеркала этих озер, по оценочным данным, превышает 83 тыс. м2. Основная масса их сосредоточена в Яно-Колымской низменности. Озерность здесь местами доходит до 40% территории. Наиболее крупные озера: Моготоево - площадь 323 км2, Буустаах - 249 км2, Большое Морское - 205 км2, Ниджили - 119 км2. Оценочные запасы воды, содержащейся в озерах, 250-300 км3.