Республика богата водными ресурсами - реками, озерами, подземными водами, высокогорными ледниками, лечебными источниками (аржаанами). В гидрографическом плане большинство рек относится к водоемам горного типа.
Речная сеть относится к бассейну реки Улуг-Хем (Енисей) и ее двух больших притоков - Большого Енисея (Бий-Хем) и Малого Енисея (Каа-Хем), и в незначительном количестве к бессточному озеру Убсу-Нур (речная сеть реки Тес-Хем и ряд ее мелких притоков в Убсунурской котловине).