Предгорная часть территории имеет густую сеть рек, на равнине их количество и водоносность резко сокращаются, северо-восточная часть края фактически лишена речного стока. По территории края протекает 220 рек (наиболее крупные - Кубань, Кума, Егорлык.), имеется 38 озер и 58 водохранилищ.
Самая водоносная река в пределах Ставрополья - р. Кума. Ее средний расход у г. Прикумска - 10 м3/сек. Воды ставропольских рек очень мутны - они несут массу иловатых, глинистых и песчаных частиц. Вода сильно минерализована, т.к. берега и днища долин имеют соленосные грунты, поэтому вода восточно-ставропольских рек летом непригодна ни для питья, ни для орошения.
В Манычской впадине около 170 небольших озер, одно из них - Маныч-Гудило (Большой Лиман), - занимает площадь свыше 360 км2сюда переброшены воды р. Кубани и озеро превратилось в обширное и глубокое пресное водохранилище.