Территория района покрыта сетью мелких рек и болот. Самой большой рекой района является река Пижма, текущая в северо-восточном направлении. Значительны по длине правые притоки Пижмы: Ошма, Унжа, Нукша и левый приток Курнуж. В пределах посёлка Тоншаево средняя глубина Пижмы 1,1—1,5 метра, ширина 10—12 метров. Озер как таковых в районе нет, но есть довольно значительные по размерам пруды. Большие пруды есть в посёлках Тоншаево и Пижма, в Ошарах, Зотове, Ромачах и Богатырях.