Территория Варнавинского района отличается довольно развитой гидрографической сетью, входящей в бассейн реки Ветлуги, левого притока Волги. Общая длина Ветлуги – 889 километров. Варнавинский район расположен в её среднем течении, скорость которого достигает 0,4 –0,5 метров в секунду. Пойма реки двусторонняя, шириной 1,5 – 2,0 километра, изрезанная старицами. В высокое половодье она затопляется на 35 – 50 дней, глубина в пойме достигает 3 метров. Летом Ветлуга мелеет, особенно на перекатах.