Район богат водными ресурсами. На его территории протекает 16 малых рек, а также расположена большая часть Новосибирского водохранилища. Озёр в районе практически нет, есть только сельскохозяйственные пруды. На территории района располагается средняя часть Новосибирского водохранилища протяженностью 86 километров. Ширина его не превышает здесь 4 километра, глубина достигает 12 метров. Малые реки короткие, маловодные и мелководные.