Ишимбайский район расположен в правобережье среднего течения реки Агидель. По району протекают более 40 рек с длиною более 8 км. С юга на север протекает река Белая. Река Селеукпротекает с юго-востока на северо-запад, впадает в р. Белую, как и река Зиган.