Река берет начало на восточном склоне хребта Нары. Абсолютная высота истока реки 710 м, устье - 246 м. Средний уклон реки равен 4,25 м/км. М. Инзер протекает в узкой горной долине и имеет ярко выраженный характер горной реки с большими уклонами и большими скоростями течения весенних полых вод.