Реки района относятся к бассейну озера Байкал, к типу рек с половодьем и паводками. Водный режим рек характеризуется неустойчивостью. По соотношению основных источников питания реки Кижингинского района относятся к рекам с преобладанием дождевого стока (доля талых вод составляет 20-30 %, дождевых - 60-70 %)