Травертиновые родники, широко распространены на юге Томской области, на правобережье Томи (территория Томского выступа палеозоя). Удивительные родники, контролируемы разломной тектоникой и дайковыми полями. Вода слабоминерализованная, магнезиально-кремнисто-кальциевая, гидрокарбонатная, температура держится на уровне +5…+6 °C, зимой не замерзает, содержит углекислый газ и радон.
По территории района протекает 114 рек общей протяженностью 2193 км. Реки и ручьи длиной менее 10 км составляют 94,4% от общего числа рек.