Водные ресурсы округа представлены сетью крупных и мелких рек, многочисленными озерами и минеральными источниками. В основном все реки относятся к Амурскому бассейну, небольшая часть образует бессточную область. Многие реки являются притоками крупных рек Читинской области. Так правые притоки Ингоды - Оленгуй, Тура. Крупные левые притоки реки Онон - Иля и Ага. Река Ага берет начало после слияния двух водотеков - Хойто-Аги и Урдо-Аги, протекая по Дульдургинскому, Агинскому, Могойтуйскому и Шилкинскому районам, общей длиной 167 км. Площадь бассейна 8000 кв. км.